تشخیص مالیات بر درآمد مشاغل همواره با مشکلاتی توأم و در تعیین و تشخیص مالیات‌ها، عموماً شیوه «علی الراس» حاکم بوده است. مطالعه روند تکاملی تشخیص در نظام‌های گوناگون مالیاتی، گویای آن است که در نظام‌های پیشرفته مالیاتی، تشخیص مالیات توسط مأموران مالیاتی، جای خود را رفته‌رفته به شیوه خود اظهاری داده است. خود اظهاری یعنی اینکه خود شخص مؤدی، مالیات خود را محاسبه و پرداخت کند بی‌آنکه مأموران مالیاتی در محاسبه و دریافت مالیات، دخالت قابل‌توجهی داشته باشند. به‌عبارت‌دیگر مسئولیت تعیین و تشخیص مالیات از سازمان مالیاتی به مؤدیان واگذار می‌شود. اظهارنامه مالیاتی یک دفترچه با برگه‌های مصوب سازمان مالیاتی است که بنگاه‌های اقتصادی باید صورت‌های مالی و یادداشت‌های مربوطه را در قالب این برگه‌ها، به اداره امور مالیاتی محل اقامت بنگاه اقتصادی در موعد مقرر تحویل دهند. بر اساس اظهارنامه مالیاتی، مؤدی اعلام می‌کند که سود دوره مالی گذشته بنگاه اقتصادی مربوطه به چه میزان بوده است و ایشان چقدر مالیات می‌پردازد؟ مؤدی باید اظهارنامه مالیاتی به همراه فیش واریزی مالیات مربوط به هر دوره مالی را حداکثر تا سی و یکم تیرماه سال بعد به اداره امور مالیاتی شهرخود تحویل دهد و رسید دریافت نماید. البته از سال ۱۳۹۱ به بعد (سال مالی ۱۳۹۰)، اظهارنامه مالیاتی به‌صورت الکترونیکی تنظیم و ارسال می‌شود.

بر اساس ماده ۸۶ قانون مالیات‌های مستقیم شرکت‌ها و اشخاص حقیقی موظف‌اند لیست حقوق پرداختی ماهانه به کارکنان را به واحد مالیاتی که در آنجا پرونده مالیاتی دارند تسلیم نمایند. در این خصوص باید توجه داشته باشید که در قانون ذکرشده ظرف سی روز لیست باید تسلیم شود نه یک ماه یعنی اگر در روز سی و یکم حقوق پرداخت شود حداکثر تا روز سی‌ام ماه بعد باید لیست مربوطه به واحد مالیاتی ارائه شود در غیر این صورت مشمول ۲ درصد جریمه ماده ۱۹۷ ق.م.م مشوید.

در صورت عدم ارائه لیست یا تأخیر در ارائه لیست کل حقوق پرداختی آن ماه مشمول ۲ درصد جریمه می‌شود.

تاریخ محاسبه سی روز از زمان تخصیص یعنی ثبت هزینه حقوق در دفاتر شرکت یا پرداخت آن محاسبه می‌شود که معمولاً در پایان هرماه این ثبت زده می‌شود.

در هنگام رسیدگی دفاتر در واحد مالیاتی این تاریخ موردتوجه کارشناسان مالیاتی قرار می‌گیرد.

با عنایت به تصویب و ابلاغ قانون مالیات بر ارزش‌افزوده، مودیان مشمول ثبت‌نام مکلف‌اند بر اساس مفاد ماده (۲۱) قانون، اظهارنامه هر دوره مالیاتی را طبق دستورالعملی که توسط سازمان امور مالیاتی کشور تعیین و اعلام می‌شود، حداکثر ظرف مدت پانزده روز از تاریخ انقضا هر دوره به ترتیب مقرر تسلیم و مالیات متعلقه را پس از کسر مالیات‌هایی که طبق مقررات این قانون پرداخت کرده‌اند و قابل کسر است، در مهلت مقرر مذکور به حسابی که توسط وزارت امور اقتصادی و دارایی (خزانه‌داری کل کشور) تعیین و توسط سازمان امور مالیاتی کشور اعلام می‌گردد، واریز نمایند.

مالیات بر ارزش‌افزوده، مالیات غیر مستقیمی است که مصرف‌کننده (خریدار) آن را به همراه بهای خرید اجناس و خدمات می‌پردازد و دریافت‌کننده (فروشنده) موظف است مقدار مالیات دریافتی را به خزانه دولت واریز کند. ازآنجاکه خود فروشنده نیز ضمن خرید اولیه چنین مالیاتی را پرداخته ولی مصرف‌کننده محسوب نمی‌شود، این است که او حق دارد کل مالیات‌های ارزش‌افزوده پرداختی خود را از کل مالیات بر ارزش‌افزوده‌های دریافتی کسر کرده و مایه تفاوت را به دولت بپردازد.